في عهد المماليك وتحديدا الوالي سليمان باشا (ابو ليلة) جدد المرقد وأنشئت المنارة والقبة عام 1757م. وعام 1291هـ (1874م) جدد بناء الجامع بأمر السلطانة والدة السلطان عبد العزيز.وقد بقيت مدرسة الامام الاعظم المدرسة الوحيدة في الاعظمية إلى جانب بعض الكتاتيب لتعليم القراءة والكتابة حتى سنة 1918م حيث أعيد اعمار الجامع وتنظيم المدرسة التي سميت كلية الاعظمية ثم دار العلوم الدينية والعربية ثم كلية الشريعة ثم كلية الامام الاعظم. وكانت هناك بعض إعمال الترميم خلال العهد الملكي.
وبعد ثورة الرابع عشر من تموز تم بناء برج اسطواني بارتفاع 25م وكسي بالفسيفساء الأزرق والأبيض ليكون جاهزا لاستقبال ساعة الاعظمية التي نصبت عام 1961م
وفي عام ١٩٧٣م قامت وزارة الأوقاف والشؤون الدينية بإكساء البرج صفائح من الألمنيوم المضلع باللون الذهبي، وكانت هناك كذلك بعض إعمال الترميم خلال ثمانينيات القرن العشرين